Osadu pri mlyne, ktorý v roku 1713 vlastnil mlynár Tomek, založili bývalí "hoferi", pracujúci na poľnohospodárskom dvore, ktorý poblíž mlyna zriadilo panstvo z Moravského Sv.Jána.
Koncom 19. storočia bola pre deti v osde zriadená rímskokatolícka ľudová škola, ktorú navštevovali aj deti z Dolných Valov a do r. 1933 aj deti z Húškov.
Škola zanikla v roku 1972, keď po vybudovaní pevných ciest začali deti chodiť autobusom do školy v Borskom Svätom Jure.
Dovtedy osadu Tomky spájali s okolím len neudržiavané poľné cesty. Keď bola cesta do Borského Sv. Jura rozbahnená, ľudia museli používať obchádzku cez Šaštínsky les a Čierny majer. V roku 1972  boli dobudované vo všetkých smeroch pevné cesty s bezprašným povrchom a zavedený autobusový spoj na linke Tomky - Bor. Sv. Jur - Malacky (cez Sekule,  Moravský Sv. Ján, Závod, Veľké Leváre) a späť.

Kaplnka bola postavená v roku 1897. Ako hovorí zápis v zošite, ktorý bol vložený v oltári, už prv stála na tom mieste drevená zvonica so zvonom, na ktorom sa prvý raz zvonilo 27. augusta 1885.
Vďaka finančnej pomoci manželov Juraja a Juliany Hollých z Bor. Sv. Jura, bola neskôr postavená kaplnka a zvon bol umiestnený do jej veže. Počas I. svetovej vojny bol v roku 1917 zvon vzatý na vojenké účely. Nový zvon si veriaci kúpili v roku 1922.
Omše v kaplnke bývali najprv len príležitostne. Po vybudovaní kostolíka na Húškoch v polovici 30-tych rokov, bývali omše striedavo - v jednu nedeľu na Tomkoch, druhú na Húškoch. V 80-tych rokoch bola pridaná v osadách omša v sobotu večer pred nedeľou, keď tam omša nebola.
Odvtedy, ako v 90-tych rokoch správu kostolíka na Húškoch prevzal farár v Závode, býva omša na Tomkoch každú nedeľu.

Kňaza museli vozievať veriaci na omšu konským povozom. Farár Andrej Gálik v päťdesiatich rokoch mal vlastného koňa a vozil sa sám. Po ňom Jozef Blaho v 60-tych rokoch chodil najprv na bicykli a potom si kúpil motorku. Vybudovanie pevnej cesty umožnilo, aby v 70-rokoch Ján Chromjak mohol už na filiálky chodiť autom.

Kaplnka prešla rekonštrukciou v roku 1986, kedy boli odstránené pôvodné drevené okná so štvorovými tabuľkami skla. Kovové mreže v oknách boli ponechané a do okien boli vložené zvonka i zvnútra tabule skla, osadené priamo v omietke. Po rekonštrukcii prišiel kaplnku posvätiť biskup Július Gábriš, strýko vtedajšieho farára Jozefa Gábriša.
Po smrti biskupa Jozef Gábriš umiestnil jeho biskupský erb do kaplnky nad sedadlo kňaza.
Taktiež ešte z kaplnky odstránil oltár, na ktorom bola socha Lurdskej Panny Márie, a umiestnil tam obraz Turíčnej Panny Márie, ktorý bol počas mimoriadneho mariánskeho roka 1987-88 umiestnený v šaštínskej bazilike. Po skončení mariánskeho roka ho dal J. Gábriš zvrchu orezať do oblúka, aby sa zmestil do kaplnky.

K ďalšej rekonštrukcii kaplnky prišlo v roku 2007, kedy bola urobená nová strecha a opravená fasáda.
Na jeseň 2019 boli z okien odstránené sklá, zamurované do stien a osadené plastové okná, ktoré umožňujú vetranie kaplnky.